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Los desechos de origen animal deben de aplicarse al suelo de tal manera que los nutrientes en los desechos no sean mayores que la capacidad de los suelos para absorberlos y almacenarlos. La tasa y periodicidad de las aplicaciones de desechos animales son también importantes para la protección de nuestros recursos naturales (suelo, agua, aire, plantas y animales).

Los desechos aplicados deben de incorporarse en el suelo tan pronto como sea posible, para conservar su valor nutrimental y reducir el problema de arrastre o reclamaciones por malos olores.

El hecho de incorporar estiércol en el suelo conserva mas el amoniaco (NH3) durante los períodos de clima caliente y seco y previene la toxicidad de (NH3) en el crecimiento de las plantas.

Los desechos de origen animal se deben de aplicar basándose en la limitación de nutrientes, ya sea de nitrógeno (N) o fósforo (P). La cantidad de dichos nutrientes esta gobernada por la cantidad de N que es mineralizado y por los requerimientos de N del cultivo. Sin embargo, es importante saber que utilizando estiércol como la fuente principal, puede resultar en sobre-aplicación de fósforo.

El objetivo es igualar o hacer coincidir en lo posible los requerimientos de nutrientes de los cultivos, con la liberación de nutrientes del estiércol. Menos del 2% de N y P son disponibles el primer año después de la aplicación.

El N que se mineralizó del estiércol agregado en años anteriores debe de ser considerado, esto es, las aplicaciones subsecuentes de estiércol deben de reducirse.

Un buen programa de manejo de desechos de origen animal debe de incluir: alcanzar altos niveles de eficiencia en los riegos y prácticas de labranza que mantengan o mejoren la nivelación del suelo y de esta manera, reducir la compactación del suelo y/o el encostramiento (esto es, para mantener la infiltración, la permeabilidad, la aireación y estimular el proceso de descomposición biológica).

Al dejar que se acumule el P residual puede ser beneficioso en suelos que fácilmente fijan el P en una forma insoluble y no disponible para la absorción por las plantas, p.ej., suelos arcillosos y aquellos que tengan altas cantidades de cal (carbonatos de Ca o Mg).

La concentración de P disponible y soluble puede incrementarse con aplicaciones altas de estiércol. Por lo tanto, conociendo la cantidad de arcilla (esto es, mineralogía), la materia orgánica oxidada y la cal (carbonatos de Ca o Mg) en un suelo particular, nos proporcionará los límites superiores en los cuales puede realizarse las aplicaciones de P en el suelo, antes de que la concentración de P soluble se incremente, causando por lo tanto problemas potenciales.

El contenido de sales solubles del estiércol puede ser alto y la cantidad debe de considerarse cuando se aplique a los terrenos agrícolas, sobre todo cuando los cultivos que se vayan a establecer posean una reducida tolerancia a las sales. El % de sal en los desechos puede estimarse multiplicando el % de K, Ca y Na combinado, por un factor de dos, tal como se determina mediante los análisis de laboratorio de suelos.

La concentración de sales en el estiércol esta directamente relacionado con los niveles de sal en las raciones que se proporcionan al ganado, ya que la mayoría del cloro y sodio de la dieta es excretado. Consecuentemente, ya que el estiércol contiene niveles variables de sal, se deben tomar precauciones cuando se utilice este, para evitar la acumulación excesiva de sal, especialmente en suelos con mal drenaje (p.ej., suelos arcillosos o suelos con mantos freáticos poco profundos).

En realidad, las aplicaciones de estiércol pueden incrementar el movimiento del P en el suelo porque el P orgánico es más móvil a través del perfil del suelo que el P inorgánico.